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Un altro fattore che potrebbe in futuro minacciare la diversità biologica dell'oasi è la presenza di specie biologiche esotiche già "naturalizzatesi" nell'area.
La presenza di specie esotiche (alloctoni), quelle cioè che dal punto di vista evolutivo non appartengono al luogo in cui si trovano rappresenta un pericolo per la biodiversità uno sconvolgimento dell'equilibrio preesistente, che si è creato in milioni di anni di evoluzione. Si tratta di specie sia vegetali (es. Ailanthus altissima) sia animali (es. Myocastor coypus) la cui presenza è segnalata ormai da tempo nell'area.
Un'altra specie esotica presente nell'Oasi è la Tartaruga dalle orecchie rosse (Trachemys scripta elegans), osservata prevalentemente nelle acque del canneto di San Francesco, è un altro esempio degli effetti degli incauti abbandoni di animali esotici o extraeuropei negli ambienti naturali di casa nostra. Gli esemplari avvistati raggiungono dimensioni significative (circa 30 cm di lunghezza), sono di abitudini alimentari carnivore, nutrendosi in prevalenza di rane e piccoli pesci e rappresentano un naturale antagonista di Emys orbiculata, la Tartaruga palustre europea.
Pur non essendo state rilevate situazioni particolarmente allarmanti, è necessario monitorare la situazione in modo da poter decidere per tempo eventuali interventi, soprattutto in relazione alle limitate dimensioni dell'area protetta e di conseguenza delle sue ridotte capacità di recupero in caso di danni rilevanti.