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Le componenti avifaunistiche si distribuiscono invece tra le diverse fasce e tipologie di vegetazione presenti. La zona delle radure ad alte erbe e delle estensioni arbustive è frequentata da diverse specie di silvidi e passeriformi: si sono osservati come nidificanti il Pigliamosche e il Forapaglie; nei profondi roveti nidificano l'Usignolo di fiume, sugli arbusti a media altezza nidificano la Capinera, la Cinciallegra, il Fringuello, il Verdone e il Verzellino; nel folto degli alberi più alti nidificano la Cornacchia grigia, la Tortora dal collare e il Torcicollo ed è presente con discreta regolarità il Picchio rosso maggiore.
Ma è soprattutto nella fascia ecotonale e nella zona umida che si concentrano le più significative presenze di specie ornitiche con valori di rilevo sul piano regionale e persino nazionale. Il fragmiteto infatti ospita la nidificazione di Acrocefali come la Cannaiola, la Cannaiola verdognola, il Cannareccione, il Pendolino e il Migliarino di palude. Legata alla loro presenza è pure quella del Cuculo che ne parassita i nidi. Tra i Rallidi sono comuni la Folaga e la Gallinella d'acqua oltre al più raro Porciglione. Nel canneto si ha ogni anno la nidificazione di almeno una coppia di Cigli reali mentre è accertata la nidificazione del raro Tarabusino, presente sul Garda in non più di 4-
Particolare importanza riveste il canneto di San Francesco per la biologia riproduttiva dello Svasso maggiore che ha in quest'area una delle stazioni riproduttive più importanti del Benaco: vi nidificano infatti ogni anno tra le 25 e le 30 coppie di questo podicipidide.
E' però soprattutto per due specie meritevoli di elevata protezione ed inserite nelle check list europee di tutela che l'area si rivela sito di grande rilievo a livello regionale: il Fistione turco e l'Airone rosso.
Il Fistione turco, un raro anatide (incluso in Lista Rossa nidificanti COI -
L'Airone rosso invece, specie osservata negli anni passati sul Garda come migratrice irregolare, ha iniziato da quattro anni a questa parte a nidificare nel canneto del San Francesco: l'insediamento iniziale di una coppia si è andato progressivamente estendendo fino a raggiungere il numero di tre/quattro coppie lo scorso anno, dando vita così ad una piccola colonia di questo raro ardeide (considerata specie Direttiva Uccelli 79/409 CEE, All. 1). Il fatto risulta rilevante anche perché questo airone tende ad insediarsi in fragmiteti di consistente estensione mentre l'area a canneto considerata non può certo ritenersi assai vasta.